من أهمّ فوائد بذور الكتان أنّها تعمل على خفض معدّلات الكولسترول الضار في الدم، نظراً لاحتوائها على عنصر الأوميغا ثري، ويساعد أوميغا ثري على تحسين عمل المخ ونشاط الأوعية الدموية والشرايين، ويقي من الإصابة بالجلطات القلبيّة والدماغية، كما أنّه يحسّن من مظهر الشعر والبشرة، ويعيد إليهما الصحة بشكل كبير. كما أنّ بذور الكتان غنيّة بمضادّات الأكسدة التي تسهم في الوقاية من الإصابات الخطيرة الّتي يمكن أن تصيب الجسم بشكل عام؛ كالتهابات المفاصل، وأمراض القلب المزمنة، وأنواع عديدة من السرطانات وأهمّها سرطان القولون.
كما أنّ الألياف التي يحتوي عليها بذر الكتان تساعد على تنظيم عمليّة الهضم وحركة الأمعاء، ممّا يمنع الكثير من الحالات العارضة مثل: الإمساك، أو الصداع الناتج عن عسر الهضم، أو الشعور بالحموضة والانتفاخ، بالإضافة إلى الشعور بالشبع ممّا يساعد على عمليّة ضبط الوزن. وبذور الكتّان تعمل كمضاد للشيخوخة، وتستخدم المواد المستخرجة منها في إعداد المستحضرات للتخلّص من الشيخوخة.
أمّا عن استعمال بذور الكتان فيجب الملاحظة بأنّ تلك البذور رغم توافرها إلّا أنّه لا يمكن استخدامها إلّا في حالة النضج؛ حيث إنّ البذور غير الناضجة تحتوي على مواد سامة، أمّا البذور الناضجة فلا يوجد أي مانع من استخدامها بشكلٍ يوميّ عبر طحنها وتناولها مع اللبن الدافئ صباحاً.